W okresie średniowiecza miejsce wyboru władz miasta i pochówku patrycjatu. Miejsce najważniejszych uroczystości miejskich, w tym związanych z wizytami królów polskich w Toruniu. Do schyłku XX w. tradycyjnie określana była jako kościół Świętego Jana, od 1935 roku ma tytuł bazyliki mniejszej, od 1992 roku jest katedrą diecezji toruńskiej. Świątynię budowano w kilku etapach od II połowy XIII wieku, w rezultacie powstał kościół o niskim prezbiterium kontrastującym z masywnym trójnawowym halowym korpusie nawowym z niższymi kaplicami i potężną wieżą zachodnią. Wewnątrz zachował szereg cennych dzieł sztuki średniowiecznej i nowożytnej, m.in. zespół malowideł ściennych, krucyfiks mistyczny, nagrobek rodziny von Soest, kompozycja rzeźbiarska ukazująca świętą Marię Magdalenę z aniołami, ołtarz Świętego Wolfganga. Część wystroju zaginęła (m.in. figura Pięknej Madonny, zastąpiona kopią z 1956 roku) lub została przeniesiona do muzeów (m.in. obrazy Cierniem Koronowanie i Zdjęcie z Krzyża). W kościele pochowane jest serca króla Jana Olbrachta, znajdują się także pamiątki związane z Mikołajem Kopernikiem – chrzcielnica, epitafium jemu poświęcone i XVIII-wieczny pomnik. Na wieży kościoła znajduje się największy średniowieczny dzwon w Polsce, Tuba Dei, odlany w 1500 roku.

W bazylice znajdują się dwa instrumenty. Oba o dużej wartości historycznej. Pierwszy to Wielkie Organy (tzw romantyczne), zbudowane w 1878 roku przez Maxa Terletzkiego z Królewca w neogotyckiej obudowie. Posiadają dzisiaj 40 registrów i 3 manuały. Drugi mały, barokowy instrument z 1688 autorstwa Mateusa Brandtnera z Torunia, przebudowany w 1821 roku, uszkodzony w 1945 roku zrekonstruowany został w 1983 roku przez budowniczego organów Josepha Mollina. Posiada jeden manual i 15 registrów.